Der Achensee liegt zwischen dem Rofangebirge im Osten, dem Karwendelgebirge im Westen und bedeckt einen beträchtlichen Teil des Achentales. Erste Besitzer des Achensees waren die Herren von Schlitters im Zillertal. Um das Jahr 1112 ging der See mitsamt dazugehörigem Besitz per Schenkung an das Benediktinerstift St. Georgenberg. Der zunehmende Warenverkehr und der Schwazer Bergbau führten im 15. Jhdt. zum Ausbau einer Straße am Ostufer. Schwere Güter wurden jedoch mit Plätten über den See transportiert, Getreide, Grubenholz und Holzkohle nach Süden, Salz, Wein und Bergwerkserzeugnisse nach Norden. Der Achensee war wegen seines Jagd- und Fischreichtums für die Landesherren immer von Interesse, wie für Kaiser Maximilian I. oder auch Erzherzog Ferdinand II., der prunkvolle Schiffe anfertigen ließ.

An diesem Tag nahm die Dampfschifffahrt am Achensee ihren Betrieb auf.  Im Rahmen einer feierlichen Zermonie und unter reger Anteilnahme der Bevölkerung segnete der Abt das schöne Schiff und gab ihm den Namen St. Josef. Erster Inhaber eines Kapitänspatentes war ebenfalls der rührige Abt Wildauer, das lässt den Schluss zu, dass ihn die Schifffahrt auch persönlich begeisterte.
Da es am Anfang naturgemäß keine Kapitäne und Maschinisten am Achensee gab, setzte man zunächst Schiffsführer der Hochseeschifffahrt ein. Bereits ein Jahr später erwarben die Herren Peter Gürtler und Heinrich Klingler das Kapitänspatent.

Schon zwei Jahre nach Beginn der dampfbetriebenen Schifffahrt wurde den wachsenden Beförderungszahlen Rechnung getragen und ein neues, größeres Dampfschiff in Dienst gestellt. Das DS St. Benedikt wurde in Teilen mit der bereits neuerbauten Achenseebahn an den See transportiert und in Buchau fertiggestellt.

Die beiden Schiffe konnten 320 Personen befördern. Zusammen legten die Schiffe im Jahr 1910 die bemerkenswerte Strecke von 19.225 km zurück. Das ständig ansteigende Passagieraufkommen konnte mit zwei Schiffen jedoch nicht mehr bewältigt werden. Diese Entwicklung machte die Anschaffung eines dritten Schiffes notwendig.

Die Linzer Werft (Stabilimento Tecnico Triestino) baute ein neues Schiff, das für die Beförderung von 400 Personen ausgelegt und damit weit größer als das DS St. Josef und das DS St Benedikt ist. Das Schiff wurde in Buchau zusammengebaut und schließlich, nach einem ersten missglückten Versuch, am 19. Oktober zu Wasser gelassen. Das majestätische Schiff wurde auf den Namen MS Stella Maris* getauft und war das erste mit einem Dieselmotor betriebene Schiff auf einem österreichischen See. Der Zweitakt-Dieselmotor ist ein Prototyp für die U-Bootmotoren der MAN. Ihren Linienbetrieb nahm die MS Stella Maris am 27. Juli 1912 auf. Am 3. September 1913 lief sie bei Seespitz am Ufer auf. Ursache war ein gerissenes Steuerseil, das Schiff konnte mit Hilfe des Dampfers St. Benedikt wieder flott gemacht werden.

* Stella Maris ist die lateinische Bezeichnung für „Meerstern“ und ein schmückender Beiname für Maria, die Mutter Jesu. Unter diesem Namen ist sie die Schutzpatronin der Seeleute und symbolisiert den rettenden Stern, der dem Nautiker die Richtung weist.

Nach dem ersten Weltkrieg erwarb die Stadt Innsbruck  von den Benediktinern in Fiecht den Achensee sowie den Seehof, das Fürstenhaus und die Gaisalm. Zur gleichen Zeit wurde die MS Stella Maris in MS Stadt Innsbruck umbenannt. Sparen wurde in den Mangeljahren nach dem verlorenen Krieg zum Programm. So kamen die Schiffe aus Treibstoffmangel nur abwechselnd zum Einsatz. Um Kohle zu sparen, wurde auch Holz verfeuert und für die MS Stadt Innsbruck ein Rohölvorrat angelegt, der bei sparsamsten Verbrauch für drei Jahre ausreichen sollte. In den Herbstmonaten wurde das DS St. Josef zum Schleppen von Holzflößen eingesetzt.

Das erste Boot mit dem Namen MB Tirol wurde angeschafft. Es konnte 25 Personen befördern und wurde in den Nebensaisonen im Linienbetrieb verwendet.
Außerdem wurde es für Sonder- und Dienstfahrten eingesetzt.

Das Achenseekraftwerk  war das erste Großkraftwerk der TIWAG. Um das Wasser des Achensees energiewirtschaftlich nutzen zu können,  wurde ein Triebwasserstollen von Seespitz zum Krafthaus Jenbach getrieben.
Für die Schiffe bedeutete das Absenken des Seespiegels im Winter, dass sie immer wieder neu fest gemacht werden mussten. Aber auch der Eisdruck war ein großes Problem und brachte die Schiffe immer wieder in Gefahr.

Während des zweiten Weltkriegs wurden die Schiffe verstärkt zu Wehrmachts- und KDF (Kraft durch Freude)-Transporten eingesetzt.

Von Bomben- und Kriegsschäden verschont, konnte die Achenseeschiffahrt bereits am 8. Juni 1945 wieder ihren Dienst aufnehmen. Das Motorboot „Nixe“ musste der französischen Besatzungsmacht zur Verfügung gestellt werden.

Am 9. Dezember richtete ein schwerer Orkan große Schäden am Achensee an.
Die Schiffe konnten nur mit Mühe und unter ständigem Auspumpen vor Schlimmerem bewahrt werden.

Die elektrische Slipanlage und die Querstapel wurden gebaut, dadurch können die Schiffe trocken aufgelegt werden, was ihre Lebensdauer wesentlich erhöht und die Wartung vereinfacht. Kapitän Heinrich Klingler jun. trat in den Ruhestand und übergab die Betriebsleitung an seinen jüngeren Bruder Kapitän August Klingler.

In Holland kaufte man ein typisches Grachtenboot mit Glasdach, es bietet Platz für 40 Personen und wurde unter dem Namen MB Tirol in Dienst gestellt.

Die betagte MS Stadt Innsbruck erlebte ihre letzte Saison auf dem Achensee. Ein neues 600 Personen fassendes Schiff wurde von der ÖSWAG - Österreichsche Schiffswerften AG 1994 in Linz gebaut und 1995 in Pertisau endmontiert und in Betrieb genommen. Das dieselbetriebene 2-Schrauben-Schiff verfügt über 2 Decks, ist barrierefrei ausgelegt und ermöglicht nun die Entwicklung des Unternehmens im Veranstaltungsbereich. Nun gibt es erstmals auch Bordgastronomie, ein Bistro Stella Maris, zur Erinnerung an das erste dieselmotorbetriebene Schiff Österreichs.

Die Achenseeschiffahrt bietet für die Gäste erstmals Abendrundfahrten mit Musik an. Seitdem finden von Juni bis Oktober diese Rundfahrten immer freitags statt und bieten zusammen mit der Achenseer Sommernacht* ein stimmungsvolles Angebot.

*Die Achenseer Sommernacht bietet ein 4-gängiges Menü in einem Hotel in Pertisau
mit anschließender Abendrundfahrt.

 Ausgehend von der Tradition des Inns als Wasserweg und in Anbetracht der
touristischen Entwicklung des Naherholungsgebietes entlang des Flusses zwischen den Kraftwerken Langkampfen und Ebbs-Oberaudorf und dem Wegfall der Grenzkontrollen, wurde die Innschiffahrt Kufstein als Teilbetrieb der Achenseeschiffahrt GmbH gegründet.

Erstes Schiff war das Motorboot Tirol, das eigens vom Achensee nach Kufstein transportiert wurde und bis zur Indienststellung des in Bau befindlichen neuen Schiffes den Schifffahrtsbetrieb aufnahm.

Das Motorschiff St. Nikolaus wurde 1999/2000 von der Bodan Werft in Kressbronn am Bodensee gebaut. Das Schiff verfügte über zwei hydraulisch angetriebene Schrauben (Schottelantrieb) und war wie auch die Anlegestellen barrierefrei gebaut. Das Motorschiff St.Nikolaus verfügte über Bordgastronomie. Mit einer Länge von 30 und einer Breite von 6,3 Metern bot das Schiff Platz für 116 Personen und wurde nach den speziellen erfordernissen der Flussstrecke (unterschiedliche Fliessgeschwindigkeiten, Brückendurchfahrten) konstruiert.
Mit der Inbetriebnahme des neugebauten Motorschiffes St. Nikolaus im Jahr 2000, begann die grenzüberschreitende Innschiffahrt Kufstein, zwischen Tirol und Bayern. Damit knüpfte die moderne Innschiffahrt an eine lange Tradition der Flussschifffahrt auf dem Inn an.Schwierige betriebliche Rahmenbedingungen, wie die immer wieder auftretenden Hochwässer führten jedoch zu durchschnittlich 21 Ausfallstagen, das waren 15 % der saisonalen Betriebstage. Diese ungenügende Zuverlässigkeit gestaltete auch eine Kooperation mit Reiseveranstaltern, Busunternehmen und Gruppenreisenden sehr schwierig.
All dies führte seit 2003 zu stark rückläufigen Fahrgastzahlen.

Im Rahmen einer großen Feier mit zahlreichen prominenten Gästen aus Politik, Wirtschaft und Freunden der Schifffahrt wurde das 120 Jahr Jubiläum der Achenseeschiffahrt begangen.
An diesem Tag stand das Geburtstagskind, das MS St. Josef, prächtig geschmückt wie vor 120 Jahren im Mittelpunkt.

Um der ständig wachsenden Nachfrage bei der Schiffsvermietung und den Sonderfahrten nachzukommen, und gleichzeitig den Linienbetrieb aufrecht erhalten zu können, wurde ein neues Schiff bei der ÖSWAG in Linz in Auftrag gegeben. Das 470 Personen fassende Schiff ist nach den modernsten Richtlinien konstruiert und verfügt über 3 Decks, Bordküche, barrierefreie Anlagen und ein besonders strömungsgünstiges Unterwasserschiff zur Vermeidung großer Wellenbildung.
Das in Teilen angelieferte und in Pertisau fertiggestellte Schiff wurde am Achenseehof von der Innsbrucker Bürgermeisterin Hilde Zach feierlich auf den Namen MS Stadt Innsbruck getauft.